Bonito tem clima quente e chuvoso entre outubro e março. Já entre junho e agosto, o tempo é seco e frio, e a temperatura pode chegar abaixo dos 10ºC.
A época mais recomendada para visitar a cidade é entre os meses de dezembro e março – a época das chuvas:
Para quem gosta de animais, nessa época a vegetação está verde e fica mais fácil de ver animais - pois têm alimento de sobra.
Para os banhistas, o nível dos rios está alto e as cachoeiras estão abundantes.
Já no período da seca - entre maio e agosto - os campos estão secos e encontros com a fauna não são tão frequentes. Porém, nessa época ocorre o mais famoso evento da cidade: O Festival de Inverno de Bonito. O evento é anual, e durante uma semana do mês de julho a cidade é palco de apresentações de música e vídeos ecológicos, teatro, folclore e exposições de artes plásticas.
